Em 1936 arrebentou a Guerra Civil que só acabou em 1936. As perseguições religiosas obrigam-no a refugiar-se em vários sítios, sem que entretanto deixe de exercer o ministério sacerdotal clandestinamente. Deixa Madrid, travessa os Pirenéus, pelo sul de França, e acaba por passar a residir em Burgos. No fim da guerra, regressa a Madrid, onde acaba o seu doutoramento em Direito, dirige retiros para leigos, sacerdotes e religiosos, até que em 1946 fixa residência em Roma. É nomeado consultor de duas Congregações da Cúria Romana, feito membro honorário da Academia Pontifícia de Teologia e prelado honorário de Sua Santidade. Intervêm nos preparativos e sessões do Concilio Vaticano II ( 1962-1965) e mantém relações estreitas com muitos padres conciliares. Faleceu em Roma no dia 26 de Junho de 1975. Logo vários milhares de pessoas, entre as quais muitos bispos de diversos países, solicitam à Santa Sé a abertura da sua causa de canonização. O processo iniciou-se, os acontecimentos deram-se, e a 17 de Maio de 1992 estava eu na Praça de São Pedro, assistir à beatificação, e dez depois, 06 de Outubro de 2002, no mesmo local para assistir à sua canonização.É o primeiro peregrino de Fátima a subir aos altares, e por isso também muito querido dos portugueses. Os seus restos mortais repousam na igreja de Santa Maria da Paz (em Roma), onde se podem dirigir se lá quiserem rezar.

A propósito da festa que se celebra no próximo dia 26, o Prelado da Obra, D. Javier Echavarria, na sua Carta que mensalmente manda a todos os fieis da Prelatura, na carta deste mês, recordava: “ Queridíssimos: que Jesus me guarde as minhas filhas e os meus filhos! Recebo as vossas cartas, em que me contais tantas “coisas maravilhosas". Também me falais das romarias, às quais me uno em cada dia e, ao ler os pormenores concretos, acompanho-vos nessas visitas à Mãe de Deus e nossa Mãe.Com imensa alegria e gratidão a Deus e à Santíssima Virgem, celebrou-se pela primeira vez a festa litúrgica do Bem-aventurado Álvaro, nos cinco continentes. E daqui a poucas semanas, vamos reunir-nos com muitíssimas pessoas, em todo o mundo, para a festa de S. Josemaria. Passaram quarenta anos desde aquele dia 26 de Junho de 1975, em que o nosso Fundador foi chamado por Deus a gozar da Sua glória. Quantos bens ele nos conseguiu desde então! Além disso, as suas palavras cumpriram-se: do Céu, hei de ajudar-vos mais”